Prueba Exacta de Fisher

Algunas personas perciben un olor distintivo en su orina después de comer espárragos, mientras que otras nunca perciben el olor. Estas diferencias podrían surgir de la variación entre las personas en el perfil químico de la orina (es decir, cómo se metabolizan los compuestos del espárrago) o de la variación en la capacidad de diferentes personas para detectar el olor.

Un artículo (Pelchat et al. 2010 Chemical Senses) revisó estos estudios y presentó los siguientes datos que describen la variación entre cuatro poblaciones de estudio:

Israel (Lison et al. 1980) | China (Hoffenberg 1983) | EE. UU. (Sugarman and Neelon 1985) | EE. UU. (Lison et al. 1980)

asparagus <- matrix(c(328, 96, 10, 11, 0, 2, 5, 10), nrow = 4, dimnames = list(c("Israel", "China", "USA.1", "USA.2"), c("Can detect odour", "Cannot detect odour")))
asparagus
       Can detect odour Cannot detect odour
Israel              328                   0
China                96                   2
USA.1                10                   5
USA.2                11                  10

Q1 ¿Cuántas personas se esperaría que perciban el olor en cada población si todas las poblaciones de estudio tuvieran la misma proporción de personas capaces de detectar el olor?

chisq.test(asparagus, correct = F)$expected
       Can detect odour Cannot detect odour
Israel        315.93074          12.0692641
China          94.39394           3.6060606
USA.1          14.44805           0.5519481
USA.2          20.22727           0.7727273

Q2 ¿Qué prueba estadística podrías usar para detectar diferencias entre las poblaciones en la percepción del olor? Asegúrate de verificar que se cumplan las suposiciones de la prueba.

Q3 Realiza la prueba seleccionada. ¿Cuál es el valor de p obtenido?

fisher.test(asparagus)

    Fisher's Exact Test for Count Data

data:  asparagus
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: two.sided

Eres un ecólogo conductual que estudia la dieta de los possums cola de anillo comunes (Pseudocheirus peregrinus) en dos sitios (sitios A y B) dominados por dos especies de Eucalyptus (E. ovata y E. sideroxylon).

Observas que los possums en el sitio A tienden a comer E. ovata, mientras que en el sitio B principalmente comen E. sideroxylon. Para probar si las poblaciones en cada sitio difieren en las preferencias alimentarias, colocas collares de radio a siete possums en el sitio A y ocho possums en el sitio B. Sigues a cada possum y anotas la especie del primer árbol del cual observas que come hojas.

En el sitio A, ves que seis possums comen E. ovata y uno come E. sideroxylon. En el sitio B, ninguno come E. ovata y ves que los ocho comen E. sideroxylon.

Q1 ¿Cuál es la probabilidad exacta de observar este patrón o uno más extremo por pura casualidad?

possum <- matrix(c(6, 0, 1, 8), nrow = 2, dimnames = list(c("Site A", "Site B"), c("E. ovata", "E. sideroxylon")))
possum
fisher.test(possum)

Q2 ¿Existe evidencia que sugiera que los zarigüeyas en los sitios A y B difieren en su uso de los árboles alimentarios?

Autor: Alistair Poore